Eleverne på mellemtrinnet (4. til 6. klasse) bor i klynge 2. Alle lokaler er indrettet med tidssvarende møbler og moderne interaktive tavler. Alle elever på Finderuphøj Skoles mellemtrin har deres egen personlige bærbare computer i hele skoletiden. Computeren opbevares på skolen efter skoletid.

Der arbejdes i tværgående teams på de enkelte årgange - dvs. at lærerne på eksempelvis 5. årgang tilrettelægger undervisningen i fællesskab. Nogle lektioner er parallellagt og kan foregå på tværs af klasserne - enten som projekter eller niveaudelt.

Der er i skoleåret 2019/2020 tre 4. klasser, tre 5. klasser og to 6. klasser på Finderuphøj Skole. Der er 163 elever, hvilket giver en klassekvotient på 20,4 elev pr. klasse.

Der er tre specialklasser på mellemtrinnet: M1, M2 og M3. De bor i samme klynge og lige ved siden af deres jævnaldrende. De undervises i egne lokaler, men deler fællesareal og fritidsareal med almenklasserne. Der foregår også fælles aktiviteter mellem almen og special.