Eleverne på mellemtrinnet (4. til 6. klasse) bor i klynge 2. Alle lokaler er indrettet med tidssvarende møbler og moderne interaktive tavler. Alle elever på Finderuphøj Skoles mellemtrin har deres egen personlige bærbare computer i hele skoletiden. Computeren opbevares på skolen efter skoletid.

Der arbejdes i tværgående teams på de enkelte årgange - dvs. at lærerne på eksempelvis 5. årgang tilrettelægger undervisningen i fællesskab. Nogle lektioner er parallellagt og kan foregå på tværs af klasserne - enten som projekter eller niveaudelt.

Der er i skoleåret 2023/2024 to klasser på hver årgang. Der er 143 elever, hvilket giver en klassekvotient på 23,8 elev pr. klasse.

Der er tre specialklasser på mellemtrinnet: SP4, SP5 og SP6. De bor i samme klynge og lige ved siden af deres jævnaldrende. De undervises i egne lokaler, men deler fritidsareal med almenklasserne. Der foregår også fælles aktiviteter mellem almen og special.